Очевидно, что если есть утверждение об остановке всех валов, то внутри двигателя уже после этого ничего вращаться, двигаться, тереться не может - так думаю. Но если все же утверждение об 2-3 секундах после остановки ошибочно и описанное все со стороны ГРМ новое, в том числе и помпа, то как вариант может шестерня стартера (механизм бендекс) не полностью выходит с зацепления с венцом маховика и соответственно создает лишние звуки. Это только предположение

, хотя описано что шум с другой стороны, но с салона в закрытом пространстве слушать тяжело.
И еще есть стетоскоп, что бы слушать шумы. С его помощью можно более-менее точно определить зону источника шума и там уже по месту.